Histoloji-Embriyoloji, Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesinde “Kürsü” olarak 3 Aralık 1945’te kuruldu. Ankara Tıp Fakültesinin kurucu öğretim üyelerinden Uzman Patolog Doktor Kâmile Şevki Mutlu, Profesör ünvanı ve yetkisiyle kurucu başkan olarak atandı. Kürsü etkinlikleri önce Sıhhiye’deki Refik Saydam Hıfzıssıhha Enstitüsü içinde başladı. 1953 yılında Ankara Tıp Fakültesi’nin bugünkü Cebeci-Dikimevi Yerleşkesi’ndeki Genel Cerrahî Anabilim Dalının bulunduğu binanın kuzey kanadındaki bölümüne yerleşti. Bugünkü yeri olan Morfoloji Binası’nın zemin katının doğu kanadına binanın açılış tarihi olan 1967’de taşındı. Kürsü olarak kuruluşunun yanı sıra zaman içinde “Enstitü”, “Bölüm” tabelâlarıyla da sunuldu. 1981’de yürürlülüğe giren 2547 sayılı Yüksek Öğretim Kanunuyla Morfoloji Anabilim Dalı altında Anatomi Bilim Dalı ve Histoloji-Embriyoloji Bilim Dalı olarak bağımsız konumu kısıtlandırıldı. 1993 yılında Yüksek Öğretim Kurumunun Yürütme Kurulu kararıyla Morfoloji Anabilim Dalı kaldırılarak Anatomi ve Histoloji-Embriyoloji Anabilim Dalları yeniden bağımsızlaştırıldılar.
Başkanlık görevlerini, kuruluş tarihi olan 1945’ten 1976 yılına kadar Prof. Dr. Kamile Şevki Mutlu, 1976-1983 yılları arasında Prof. Dr. Aliye Erkoçak , 1983-2003 yılları arasında Prof. Dr. Meral Tekelioğlu ,2003 -2013  Prof. Dr. Canan Akbay , 06.01.2014 tarihinden itibaren Prof.Dr. Alp Can  yürütmektedir. Anabilim Dalımızda mezuniyet sonrası eğitim etkinliklerinin yürütüldüğü 50 kişilik bir konferans bölümü ve mikroskobik görüntünün doğrudan perdeye aktarılabildiği çok amaçlı görsel-işitsel cihazlar da bulunur.
Anabilim Dalında ışık mikroskopi laboratuvarının yanı sıra, geçirimli ve taramalı elektron mikroskopi doku hazırlama laboratuvarları, sito-histokimya, immünoflüoresan, hücre-doku kültürü laboratuvarlarıyla fotomikroskopi çalışma odası ve fotoğraf basımı için karanlık oda bulunur. Geçirimli kriyo elektron mikroskobu, düşük voltaj taramalı elektron mikroskobu, ultrakriyomikrotom, kızaklı mikrotom, kriyostat, üç kanal görünür-dalga konfokal tarama mikroskobu ve görüntü analizi sistemi, stereolojik uygulamalar için stereoloji mikroskop sistemi özel olarak tasarlanmış bölümümüz laboratuarlarında hizmet vermektedir. Histoloji-Embriyoloji Anabilim Dalında on bir öğretim üyesi(8 profesör, 2 doçent, 1 yardımcı doçent), bir uzman doktor, bir tıpta uzmanlık öğrencisi, iki doktora ve bir yüksek lisans öğrencisi bulunmaktadır. Uzmanlık eğitim süresi toplam üç yıldır. Sağlık Bilimleri Enstitüsüne bağlı programlarsa tezli yüksek lisans olarak toplam dört yarıyıl, doktora programı olarak da toplam sekiz yarıyıldır.

Anabilim Dalımızda Uzmanlık Eğitimlerini Tamamlayıp Şimdi Anabilim Dalımız Dışında Görev Yapan Meslektaşlarımız
Dr. Özlem Dabak                  Elazığ Üniversitesi, Tıp Fakültesi
Dr. Ayça Işık                          Özel Bir Tüp Bebek Merkezi
Dr. Meltem Özgüner             Yıldırım Beyazıt Üniversitesi, Tıp Fakültesi
Dr. Olcay Semiz                   Sakarya Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enst.
Dr. Ayten Türkkanı                SB Zübeyde Hanım Kadın Hast. Eğ-Ar Hst ÜYTE Merkezi
Dr. Sibel Serin                      Ufuk Üniversitesi Tıp Fakültesi
Dr. Sinan Özkavukcu           Ankara Üniversitesi, ÜYTE Merkezi
Dr. Serçin Karahüseyinoğlu Koç Üniversitesi, Tıp Fakültesi
Dr. Tuğba Zeyrek                 SB İzmir Kadın Hast. Hastanesi ÜYTE Merkezi
Dr. Serhan Akkuş                 SB Zübeyde Hanım Kadın Hast. Eğ-Ar Hst ÜYTE Merkezi
Dr. Ayşe Köse Sargın          Süleymaniye Doğumevi ÜYTE Merkezi
Dr. Hande İlkay                     SB Zübeyde Hanım Kadın Hast. Eğ-Ar Hst ÜYTE Merkezi
Dr. Hilal Göktürk                   Yıldırım Beyazıt Üniversitesi, Tıp Fakültesi